दूसरा विश्व कप दस साल के अंतराल के बाद 1998 में खेला गया। दक्षिण अफ्रीका में आयोजित हुए इस 'MTN अंडर-19 वर्ल्ड कप' में अमित पागनिस भारतीय टीम के कप्तान थे। पिछले विश्व-कप के मुकाबले इस टूर्नामेंट में भारत का प्रदर्शन बेहतर रहा। हालांकि खराब नेट रन-रेट के चलते भारतीय टीम फाइनल से पहले ही बाहर हो गई। भारत की इस वर्ल्ड कप टीम ने देश को हरभजन सिंह और वीरेंदर सहवाग जैसे खिलाड़ी दिए जो विश्व क्रिकेट के दिग्गज खिलाड़ियों में शुमार हुए। इस अंडर 19 टीम के कप्तान रहे अमित पागनिस दुर्भाग्यवश कभी भारतीय टीम का हिस्सा नहीं बन सके। 1998 विश्व कप में भी उनका प्रदर्शन अच्छा नहीं था। उन्होंने उस टूर्नामेंट में छह ईनिंग्स में 29.16 की औसत से बस 175 रन बनाए थे। पागनिस ने आगे चलकर महाराष्ट्र के लिए प्रथम श्रेणी क्रिकेट खेला। हालांकि इस लेवल पर भी उनका प्रदर्शन ज्यादा अच्छा नहीं रहा। उन्होंने 95 फर्स्ट क्लास मैचों में 5851 रन बनाए। अपने करियर के आखिरी पड़ाव पर उन्होंने कई दूसरी टीम के लिए भी खेला और 2008 में रेलवे के लिए खेलने के बाद संन्यास ले लिया। पागनिस इस समय मुंबई में बतौर कोच काम कर रहे हैं। कुछ समय पहले 2014 में, उन्हें महाराष्ट्र की अंडर-25 टीम को कोच करते देखा गया था।