टीम इंडिया के कोच के रूप में ग्रेग चैपल का कार्यकाल विवादों से भरा रहा। लेकिन इस दौरान उनका सबसे बड़ा विवाद तत्कालीन भारतीय कप्तान सौरव गांगुली से ही रहा। ड्रेसिंग रूम से उभरा यह विवाद जल्द ही मीडिया और आम लोगों तक पहुंच गया और इस दौरान इसकी काफी चर्चा हुई। यह विवाद 2005 में भारत के जिम्बाब्वे दौरे से शुरू हुआ। दौरे के बीच में चैपल का एक ई-मेल लीक होकर मीडिया के सामने आया, जिसमें उन्होंने गांगुली के टेस्ट में खराब प्रदर्शन का हवाला देकर उन्हें टेस्ट टीम से निकालने की बात कही थी। दौरे के तुरंत बाद चयनकर्ताओं ने औसत प्रदर्शन का हवाला देते हुए गांगुली को कप्तानी से बर्खास्त कर दिया। उन्हें वनडे टीम से भी हटा दिया गया। इसके बाद जब द्रविड़ की अगुआई वाली भारतीय टीम वनडे मैच खेलने गांगुली के गृहनगर कोलकाता पहुंची तो कोलकाता के दर्शकों ने दक्षिण अफ्रीकी टीम का समर्थन किया। 2007 विश्व कप में भारत के ग्रुप चरण से ही बाहर होने के बाद चैपल का कोचिंग कार्यकाल खत्म हो गया।