2006 में टूर्नामेंट श्रीलंका में खेला गया, यह दूसरा मौका था जब श्रीलंका अंडर 19 विश्व कप की मेजबानी कर रहा था। पाकिस्तान ने अपने तीन में से दो गेम जीते और सुपर लीग चरण के लिए क्वालीफाई कर लिया, जहां उन्होंने जिम्बाब्वे को हराकर सेमीफाइनल में प्रवेश किया। सेमीफाइनल में पाकिस्तान ने वेस्टइंडीज से मिले कुछ गतिरोध से निकलते हुए और सुपर लीग सेमीफाइनल में ऑस्ट्रेलिया को हराते हुए 163 रनों से जीत दर्ज की। इस टूर्नामेंट का फाइनल मुकाबला चिर प्रतिद्वंद्वी भारत के खिलाफ निर्धारित हुआ। पहले बैटिंग करते हुए पाकिस्तान सिर्फ 110 रन का स्कोर खड़ा कर सका लेकिन पाकिस्तान की धारदार गेंदबाजी के आगे भारत के बल्लेबाज नहीं टिक सके और पाकिस्तान ने लगातार दो विश्व कप जीतते हुए इतिहास रच दिया।
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